Kemik İliği Nakli çok çeşitli hastalıkların tedavisinde uygulanmaktadır; örneğin kan kanseri, başka kanser hastalıkları, kan hastalıkları, bağışıklık sistemi hastalıkları, metabolizma hastalıkları ve çeşitli kalıtsal hastalıklar gibi. Aşağıda bu hastalıkların bir listesi verilmiştir. Daha sonra bu hastalıklardan en sık görülenler hakkında kısaca bilgi verilecektir.

 

	•Akut Lösemiler . Akut bifenotipik lösemi . Akut lenfoblastik lösemi . Akut myelojenik lösemi . Akut indiferansiye lösemi •Kronik Lösemiler . Kronik lenfositik lösemi . Kronik myelojenik lösemi . Jüvenil Kronik myelojenik lösemi . Jüvenil myelomonositik lösemi •Myelodisplastik Sendromlar . Kronik myelomonositik lösemi . Refrakter anemi . Blastlarla birlikte refrakter anemi . Sideroblastlarla birlikte refrakter anemi •Kök Hücre Bozuklukları . Fanconi anemisi . Paraksizmal nokturnal hemoglobinüri . Ağır aplastik anemi •Myeloproliferatif Bozukluklar . Akut myelofibroz . Agnojenik myeloid metaplazi (Myelofibroz) . Esansiyel trombositopeni . Polisitemia vera •Lenfoproliferatif Bozukluklar . Hodgkin Hastalığı . Non Nodgkin lenfoması . Prolenfositik lösemi •Fagosit Bozuklukları . Chediak-Higashi sendromu . Kronik granülamatöz hastalık . Nötrofil aktin eksikliği . Retiküler disgenezi •Lipozomal Depo Hastalıkları . Adrenolökodistrofi . Gaucher hastalığı . Hunter sendromu . Hurler sendromu . Krabbe hastalığı . Maroteaux-Lamy hastalığı . Metakromatik lökodistrofi . Morquio sendromu . Mukolipidoz II . Mukopolisakkoridozlar . Niemann Pick hastalığı . Sanflippo hastalığı . Schele sendromu . Sly sendromu, B-glukorinidaz eksikliği . Wolman hastalğı	•Histiositik Bozukluklar . Ailesel kritrofagositik lenfohistiositoz . Hemofagositoz . Histiositoz X •Kalıtsal Eritrosit Anormallikleri . Beta talesemi major . Saf kırmızı hücre aplazisi . Orak hücreli anemi •Konjenital(kalıtsal) Bağışıklık Sistemi Bozuklukları . T ve B hücrelerinin yokluğu SCID . T hücrelerinin yokluğu normal B hücreleri SCID . Ataksia telenjiektazi . Bare lenfosit sendromu . Common varible immün yetmezlik . DiGeorge sendromu . Kostman sendromu . Lökosit adhezyon eksikliği . Omenn sendromu . Adenozin deaminaz eksikliği ile birlikte SCID . SCID(Ağır kombine immünyetmezlik hastalığı) . Wiskott Aldrich sendromu . X’e bağlı lenfoproliferatif bozukluk •Diğer Kalıtsal Bozukluklar . Kıkırdak-saç hipoplazisi . Glanzmann trombastenisi . Lesh Nyhan sendromu . Osteopetrozis •Plazma Hücresi Bozuklukları . Multipl myeloma . Plazma hücresi lösemisi . Waldenstrm makroglobulinemi •Diğer Kanserler . Göğüs kanseri . Ewing sarkomu . Nöroblastom . Renal hücreli karsinom